崇祯的劝说终于让徐光启消除了心中不少郁闷，但是皇帝提出的团结一切可以团结的力量，先打倒主要敌人，然后再消灭次要敌人的说法，让徐光启心里总有些过不去。
他思前想后了许久，方才有些不确定的向崇祯说道：“可是陛下，这个先接纳他们，事后又要打倒他们，是不是有点过河拆桥的意思？”
朱由检楞了下，便严肃而认真的回道：“新党成立时，向天下公布了建党的理念和主张，他们既然已经知道了新党成立是为了什么，那么当他们主动要求加入进来的时候，就必须要受到党的约束。
如果他们并不是认同党的理念和主张加入进党的，那么说明他们从一开始就欺骗了党，只是把入党当做了争权夺利，平步青云的一个机会。
既然是如此，那么党对他们采取一些清理措施，以保证党的理念和主张不被扭曲，又有什么不对呢？我们既然已经把新党的观点明白无误的公之于众了，就没必要担忧会被人说什么过河拆桥。
也许有些人协助新党打倒了共同的敌人，但是并不意味着他们就是新党的盟友。只是证明了大家曾经有过一个共同的敌人罢了。
既然新党的成立是为了解决大明存在的各种时弊，以挽回天下人对于朝廷，对于大明的信心，那么显然是不能把个人的感情当成做事的标准的…”
在经过了崇祯的细致劝说下，徐光启终于收回了，来之前想要辞去科学民主党党魁的想法。不过鉴于徐光启的年龄和体力，朱由检也认为需要有一个人帮助他，分担党内的日常行政事务。
最后他建议徐光启在党内设立一个干事长的职位，代替他处理党内的琐事，这个人最好是没有公职在身。一来可以自由往来于各地管理党的各项事务；二来也会让那些投机官员无法染指这个职位。
当然对于京城眼下的乱象，朱由检也觉得有必要进行整顿一二。在随后的内阁见面会上，他第一次提出了对于徐光启、钱谦益两人组党的看法。
朱由检在会上如此对众人说道，自万历以来朝中一直党争不断，所以官员之中有党派乃是一个事实，不是将要发生的问题。否则几位先帝数次下诏，要求朝中官员不许结党，岂不是对着空气说话。
既然官员之中存在党派是一个事实，那么朝廷就要切实的面对它，解决它，而不是闭上眼睛装作看不到，就当做没有这个问题了。
崇祯认为，自古以来历朝对于结党一事众说纷纭，一会说结党是小人朋比为奸，一会说结党是君子同而不和。总而言之，随着立场的不同，对于党人的评价也就变得千差万别了。
究其根本原因，还是在于这些党派行事不够光明正大，又没有切实的表明自己结党的目的是什么，导致君臣相疑，同僚倾轧。
因此，借着徐光启、钱谦益两人的组党行为，崇祯决定试验一下开放党禁。以规范党派在朝政中行事准则，消弭朝中的党争。
首先第一件事，他会下令御前秘书处成立一个党团办公室，专门负责管理政党的问题。不管是徐光启的科学进步党还是钱谦益的新东林党，都必须向该办公室报备本党建立的宗旨和政治理念，党组织的形式和党员的名单，运营党的经费来源，党的法定代表人。
崇祯同时提出，党派成立之后，必须有约束本党成员行为的能力，入党的官员不得借助党派的力量打击异己，谋取私利，破坏大明的法律，和企图颠覆皇室等。
最后，因为崇祯需要时间观察公开组建的政党是否合适于大明，因此在五年内不接受两党之外的党派成立申请。崇祯再次重申，任何人都不得在私下结党，违者将免去官职和流放海外。
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