对于崇祯前面提出的复员制度，军政、军令分离制度，孙承宗等几人还能接受，毕竟这些制度还是有利于朝廷掌控军队的方式。
不过设置一个专门的机构对军队进行思想文化教育，并且把忠君报国的口号变成保家卫国，让他们下意识的就提出了反对。
茅元仪就首先发难道：“陛下，您之前刚刚说过军队不需要进行判断，需要进行判断的是陛下和内阁及本兵。但是现在您又说，要对军士进行思想文化教育，好让他们有足够的判断能力，这是不是太过于矛盾了？”
朱由检身体前倾，手肘支在桌面上，双手互握挡在了下巴前方。他绞尽脑汁思考着，和这些文官谈事就这点不好，他们总是喜欢寻根究底，而不是毫无怨言的去执行自己的命令。
“这么说吧，总参谋部和军队的统帅不需要进行战略上的判断，因为他们所处的位置，有足够的权力去实现自己的判断，这显然不符合朕和兵部统帅军队的规定。
所以朕要求总参谋部和军队中的统帅，不需要对战略进行判断。他们只需要把可能性，及猜想的后果列举出来，以供朕同兵部进行选择就可以了。
而朕需要军队中的普通军士及低阶武官有一个基本的认知，就是他们所做的一切，都是为了保卫这个国家和他们的家人。
有了这样的认知，他们自然不会在战场上背叛大明或是逃亡，或是被某些野心家操纵，对抗朝廷的命令了。
换句话说，军队要有自己的基本判断，又不能有自己的判断，这是一个矛盾而又统一的命题。朕希望，你们不必被这个命题所迷惑住。”
除了尤世威和吴怀之外，其他人都听明白了崇祯的意思。对于这些文官来说，崇祯的这种说法很绕，但是并不难理解。
崇祯说了一大堆，中心意思只有一个，皇帝需要一只完全效忠于自己的军队，但却冠上了保卫国家的名义，能代表这个国家的难道不是崇祯自己吗？
理解了这一点之后，几位官员也就释然了。崇祯想要通过总参谋部控制新军，而他们只需要掌握住总参谋部这个组织也就足够了。
袁崇焕显然意识到了总参谋部成立中蕴藏着的巨大机遇，他主动向崇祯请求道：“陛下，臣非常愿意参与组建新军参谋部的工作。”
“不，你不行。”朱由检几乎是下意识的反对道。
不仅是袁崇焕，茅元仪、孙元化等人都对崇祯如此大的反应感到意外。
孙承宗觉得自己应当站出来替弟子说几句好话，他诚恳的对崇祯说道：“袁自如久任军伍，对于军阵之事较为娴熟，由他筹集这个新军参谋部，想必不会出什么问题，臣还愿意推荐鹿善继一起参与组建新军的参谋部。”
无法把孙承宗等文官排斥出总参谋部，朱由检也只好接受这个现实。但是他可不愿意，把新军交给一个他看不懂的历史人物身上。
正如袁崇焕等人心中想的一样，参谋体制将会完全取代之前的明军统帅体制。而新军从无到有的建立，将会是参谋制度的初次尝试。
如此一来，初次组建新军参谋部的人，将会对新军拥有巨大的影响力。
对于袁崇焕的为人，朱由检到现在还没有看明白，自然是不愿也不敢把这只关系到大明未来的军队交给他。
朱由检迟疑了下，便说道：“朕打算从组建新军开始学习军事，所以朕会亲自组建新军的参谋部，总参谋部可以从旁协助朕。”
孙承宗有些头晕，虽然从崇祯的谈话中，他能够感受到崇祯对于军事并不像他自己所说的一无所知。
但是作为大明的皇帝，沉迷于军事可不是什么好现象。他试图说服崇祯，“陛下，您现在既要学习治国理政之道，又要处理国家重要的政事，怎么能分神再关心新军筹建的事务呢？
臣以为这种具体事务还是交给臣下去处理，而您只要按时的进行核查进度就可以了。如果连具体事务您都要一一过问，那么臣子们还能做什么呢？”
朱由检正色的说道：“国之大事，在祀与戎。组建新军就是军国大事，至于其他事情，想必内阁众位阁臣会处理的很好的，朕没必要担心…”
在崇祯的坚持之下，孙承宗几人还是屈服了。孙元化负责牵头编制军器制作监督制作的条例，茅元仪和吴怀负责编制整个新军的建制及各种条令，鹿善继和袁崇焕协助皇帝筹建新军。
于此同时，会议还正式宣布了五军都督府总参谋部成立，孙承宗成为了第一任参谋总长，而其余七人成为了总参谋部的参谋。
在会议快结束的时候，朱由检以随意的口气向总参谋部交代了第一个任务。制定一个整顿川、滇、贵三省驻军的计划，并重新制定军功赏罚的制度，废除首级功。
武英殿的会议开得非常漫长，结束的时候已经过了午时。孙承宗走出武英殿的时候，脚步略显沉重。
离开宫禁，同孙元化分手之后，茅元仪快步上前走到孙承宗身后说道：“学士大人，为什么我们不能规劝陛下，我们怎么能和那些武臣在一起共事，这完全不合规矩。”
孙承宗并没有说话，紧紧跟在他身边的鹿善继替他回答道：“这位陛下登基以来，什么时候尊重过规矩了？现在的问题在于，如果按照规矩，我们根本没有可能，按照自己的想法去组建一支军队。
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