感人场面暂且不表。
却说杜兰见初号机的灵魂力量快速消耗，到时初号机就不能正常使用了。这个时候渚薰站了出来，表示自己愿意代替碇唯，继续让初号机得意以飞船动力而存在。
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杜兰表示在两个世界人民的友好协商下，没有问题能够影响到他的剧本。同时他呼吁凌波丽同学也得和他一起离开这个世界，因为作为注有使徒细胞的克隆体有变成其他国家目标的可能。
杜兰又指出，以美里为首的WILLE组织应该尽快与各国政府打成协议，督促各国政府保持克制，冷静对待《死海文书》所记载的内容。杜兰说，‘这个世界的人类还是希望，是愿意在地球上生活的，神经元或者SEELE等邪恶组织是代表不了整个地球的人类的。WILLE代表着人类的利益，应该尽快地恢复生产重建秩序，一步不停地修复地球环境。’
WILLE的美里大佐表示，她将尽自己一切的可能，为恢复社会生产建设而努力。坚决不会走老路，走错路。她同时表示愿意照顾明日香，珍希波，还有碇真嗣三个孩子，让他们生在新世纪长在红旗下。
双方又就凌波丽归宿问题展开了讨论，最后由凌波丽同学在公平公正公开的条件下，自愿决定离开这个世界，跟随杜兰去冒险，同时杜兰签署了成为凌波丽监护人的白皮书。
在友好的会谈结束之后，杜兰走了，碇源堂被他遗忘了，他将要一个人在这个‘末世’生活，没有人能看到他，他也看不到任何人。而碇真嗣，在与他的母亲见面之后，或许会改变吧，不过在和平时期，就算不改变也没有什么关系，最多就是没朋友而已，死不了的。
“那么大家再见，有机会我会回来看你们的！”竟然在无界门前说再见，这可是头一回，有了记录坐标的系统，杜兰就能在各个世界中来去自如。
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