一路上，葛城美里和碇真嗣两人坐在汽车的后排显得异常尴尬，但是见凌崖五人并非坏人模样，安心两分，可是葛城美里的心理防线还是没有放下。
“你们为什么会帮助我们对抗使徒？”葛城美里还是没有忍住对凌崖进行发问。可是凌崖并没有回答她，凌崖正在探究葛城美里的内心世界。
别西卜道：“我们并非帮你们，NERV只是SEELE的走狗，你要明白自己并没有救人类，而是帮助碇源堂毁灭人类。”
“我不想与你争论，暂时我们没有看见任何证据能说明碇司令在摧毁人类！”葛城美里话音刚落，突然感觉自己的思想中出现一个人。
“你，你？这是怎么回事？”葛城美里发现自己正在一片漆黑环境中，周围好像都是幕布一样的东西，而凌崖从幕布后面正走出来。
“你想看真相，那就带你去！”凌崖话音刚落，两人便一起来了NERV的内部。凌崖用意识强行穿破了一直设立在NERV总部的立场，他利用混沌源力在自己和葛城美里灵魂外侧设立一层薄薄的立场，方便无声无息的进入NERV内部。（注：意识侵入和实体侵入是两回事儿，意识侵入会耗费大量的源力，但是会处于无形状态，不会被发现。实体侵入则相反）
一片阴暗血红的世界，葛城美里并不知道NERV地下竟然藏着第二使徒莉莉丝的身体。
“这是莉莉丝？”葛城美里有些不相信自己的双眼。凌崖道：“莉莉丝是初号机的原型，但EVA都有彼此的缺陷，这个你们应该很清楚。”
“你说碇司令在实行人类补全计划，那么最终结果回事怎样？”葛城美里的内心开始动摇。
凌崖冰冷的双眼好像死神一般，这双眼睛葛城美里并不是第一次见过，在他父母死的那一天她便已经经历过死神的降临。
“第三次冲击，想必活下来的只有一对新人类，他们算是最完美的生命体了！”
“我们明明已经经历过第二次冲击，为什么还要经历第三次，难道人类的命真就这么不值钱吗？”
凌崖右手挥动一圈，只见一个画面凭空出现在葛城美里的面前。画面上显示着正是碇源堂与其他SEELE的人员商谈接下来的计划。
葛城美里不敢相信自己一直在为摧毁人类而作出所谓的贡献。凌崖右手一剑划出一道裂痕，右手慢慢地伸了进去，开始不停地翻找，就在这时，钉在十字架上的莉莉丝脸上的七只眼睛一起睁开，盯着凌崖和葛城美里两人。
“我们又见面了，凌崖！这一次你想怎么玩？”凌崖右手微微抬起，葛城美里身后突然有人将她的嘴巴捂住，迅速将她带离了这里。
莉莉丝见里那样右手燃起蓝色天堂之火，而且越燃越旺，一瞬间便将莉莉丝周围的血池蒸发。
凌崖轻轻点了一下莉莉丝的右臂，只见她白色粗壮的右臂从十字架上掉落下来。莉莉丝的七只眼睛微微颤抖一下，随后咬牙哼道：“凌崖，你这是在折磨我吗？看来你还是没有搞清楚现在的情况，这里的我并非是我的本体，只是这些傻乎乎的人类在月球找到的残骸罢了！”
凌崖并未理会莉莉丝，右手快速拔剑，快速扫出横纵各一剑。轰隆一声巨响，十字架倒塌，莉莉丝雪白的肉体散落下来，落入地面。
“凌崖，我会在下一次见面的时候问候你，迎接下面使徒的降临吧！他们会教你如何做人的！”莉莉丝的声音回荡在整个地下，就当凌崖要离开时候，一个女人从不远处走来。
“绫波丽？”凌崖算是第一次见凌波丽本人，不过这个复制品对他来讲没有任何的吸引力。
“凌崖？你一直在找我是吗？那你为什么不在这个时候带我走，离开这鬼地方！”
“这样的把戏好玩吗？莉莉丝！”凌崖充分的感受到眼前的这个绫波丽体内藏有莉莉丝的灵魂，她将会不时的骚扰自己，不过只是在意念之中。
“现在杀了你一点儿都没有用！”说罢，凌崖消失在绫波丽的面前。
在凌崖的意识再次返回本体时，大家刚好返回基地。自从到了海港，洛丽塔便用黑布蒙上了葛城美里和碇真嗣的眼睛。葛城美里并不知道刚才是谁带自己离开NERV的总部，返回自己的身体，不过她好像能猜得到。
大家安全返回基地，克拉苏克斯两个老头正在喝酒，并且磕了一地的瓜子。
两人见凌崖回来了，好像老鼠见到猫一样，立马将面前的“酒席”收拾起来。
鲁萨克忙道：“凌先生，你们可下回来了，这基地怎么能空着呢？万一……”
克拉苏克斯忙拦住鲁萨克达：“老头子，少废话，说正事儿！”
鲁萨克忙道：“我们两人发现了莉莉丝的下落，她现在一直躲在月球，并且掌控着所有的使徒，最令人气愤的是，虚空领主释放了大量的虚空之力包裹整个月球，让它处于真空状态，我们根本无法侵入。”
苏可伽道：“看来我们的敌人要进入第二阶段了！”
凌崖点点头，带着葛城美里和碇真嗣两人直接进入了会议室。凌崖道：“两位，我并没有什么要求，潜伏在NERV内部就行，作战时尽量不要硬碰硬，保住性命，等我们到了再进行反击。”
葛城美里疑问道：“你的意思是说打算保守作战时吗？”
碇真嗣见葛城美里似乎有些同意凌崖等人的要求，忙问道：“你要跟他们合作？为什么？“
葛城美里一脸严肃，双眼坚定，道：“我看见了不想看见的东西！以及碇司令背后的阴谋！”
碇真嗣双眼迷茫，疑问道：“是真的吗？”
凌崖道：“一会儿你可以自己去看看！”
碇真嗣不知道凌崖出于什么目的，但是他心里还是怀疑。突然，基地内部的警报响起。原来是第五使徒，雷天使从天而降。
“连续两天进行攻击，是不是有些频繁？”葛城美里没想到使徒的进攻会来的如此之快。
克拉苏克斯哼道：“正事儿还没谈完，就来活儿了，你们赶紧去吧！基地交给我们两人吧！不过我要提醒几位，接下来的使徒核心内会有虚空之力进行保护，就凭他们那些垃圾机器人可不好对付！”克拉苏克斯根本没有给葛城美里和碇真嗣留一点儿面子，直言不讳。
葛城美里两人虽然心有不服，但却无法否定。就在众人准备出动的时候，碇真嗣突然站起来拦住凌崖问道：“怎么能让我变强大？”
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