虽然稳住了魏忠贤，阉党份子依然意识到了危局，大肆迫害被怀疑会对自己不利的大臣，一时京师血雨纷飞，许多重臣因此丧命。此时的境况，远遁陕西的洪承畴得闻，暗呼侥幸，幸好跑得快。
朱由检和性命不保的文官集团那边也意识到矛盾已经无可调和，决定发起总攻。一份无名小辈的奏折在某些人的指使下飞上了朱由检的御案。这份奏折劾魏忠贤十大罪状：一，并帝；二，蔑后；三，弄兵；四，无二祖列宗；五，克削番封；六，无圣；七，滥爵；八，掩边功；九，晙民；十，通关节。
这道奏疏虽出自一个小小无名之辈，写得却极深刻，崇祯阅后击节赞叹，当即召见魏忠贤，命他听内侍朗读，内侍尖细的声音，每一句话都刺中魏忠贤的要害，令他震恐丧魄。从皇帝那里告辞出来后，急忙去找他的赌友、先前信王府太监徐应元，商量对策。这个不可一世的大人物，此时低声下气地与徐应元称兄道弟，送以珍宝，希望他帮忙。徐应元替魏忠贤出了一个主意：辞去总督东厂提督太监之职，暂避锋芒。于是，十月二十七魏忠贤便向皇上提出了辞呈。
崇祯对这几天接二连三的弹劾奏疏一概不表态，乃是和一种引而不发的策略。迫使忐忑不安的魏忠贤自己表态。果然不出所料，魏按捺不住，向皇上提出”引疾辞爵“。事后，崇祯知道这是他身边的太监徐应元出的点子，一面斥责徐应元，把他贬到显陵当差；一面迅雷不及掩耳之势在十一月初一作出了勒令魏忠贤到奉养祖陵司香的决定，粉粹了魏阉企图继续留在宫中徐图进取的幻想。
崇祯下了一道“去恶务尽“为宗旨的谕旨，终于让长期郁积心头的愤恨之情倾泻而出。当他还在信王府时，唯恐不为忠贤所容，深自韬晦，常称病不朝；兄终弟及进入宫中，又担心为忠贤所害；及至登基，还不得不佯装继续优容的样子。难道他不想倒魏吗？非不为也，是不能也。今日时机成熟了，他在谕旨中写道：
朕闻除恶务尽，驭世之大权；人臣无将，有位之炯戒。我国家明悬三尺，严惩大憨，典至重也。朕览诸臣屡列逆恶魏忠贤罪状，俱已洞悉。窃思先帝以左右微劳，稍假恩宠，忠贤不报国酬遇，专逞私植党，盗弄国柄，擅作威福，难以枚举，略数其概：皇兄怀宁公主生母成妃李氏，假旨革夺，金冤未雪；逼裕妃张氏，立致弃生；借旨将敢谏之臣，罗列削夺，酷刑严拷，诬捏赃私，立毙多命。而身受三爵，位崇五等，极人臣未有之荣。通同客氏，表里为奸。赖祖宗在天之灵，天厌巨恶，神夺其魄，罪状毕露。本当寸磔，念梓宫在殡，姑置凤阳。二犯家产籍没入官，历年奖敕全数收还，各处生祠尽行撤除，其冒滥宗戚俱烟瘴永戍！
按魏忠贤的罪状是死有余辜的，念在先帝殡葬期间不宜开杀戒，姑从轻发落。对于魏阉而言，虽免一死，但实际上在政治上判处了死刑。与此同时，崇祯又给部院各衙门发去敕文，表明他要促成”维新之治“的决心，对遭到客、魏迫害的人士，应褒赠的即褒赠，应荫恤的应荫恤，应复官的就复官，应启用的就启用，应开释的具开释。并下令，拆除所有的魏忠贤生祠，折价变卖资助边饷。
江山易改，本性难移。魏阉这个政治爆发户在贬往凤阳的途中，还要摆出威风凛凛的架势，俨然昔日九千岁的模样。据说他出京时前呼后拥的卫队、侍从达千人之多，都是他平时养的私家武装，身佩兵器，押着满载金银珠宝的40辆大车，呼啸而去，给人以意气扬扬，雄心勃勃的样子。
这一消息传达宫中，激怒了崇祯，他立即给兵部发去一道谕旨：“逆恶魏忠贤，本当肆市以雪众冤，姑从轻发落凤阳。岂料巨恶不思自改，辄敢将畜亡命，自带凶刃，环拥随护，势若叛然。朕心甚恶，著锦衣卫即差的当官旗前去扭解，押赴彼处交割明白，所有跟随群奸，即擒拿具奏，勿得纵容。”
且说魏忠贤经由良乡、新城、雄县等，于十一月初六抵达阜城县南关，找了个旅馆住下，获悉皇上派人前来扭解，知道必死无疑，顿时惊慌失措，长叹僵卧。半夜起身，随解所携之带，悬梁自尽，他的贴身太监李梦钦梦中惊起，自缢殉葬。随从急忙报知县衙门，看热闹的人拥挤，40辆大车的行李大多在混乱中散失，随从人员也逃亡一空。
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